针对您提到的合同上写明保底工资5500元但公司后来改为计件工资的情况，这确实可能涉及到了《合同法》的相关规定。《合同法》第一百零七条规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。如果公司单方面改变工资计算方式，且未经您同意，这可能构成违约。您可以考虑通过劳动争议仲裁等方式来维护自己的合法权益。
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如果您不同意公司改为计件工资，您可以采取以下操作来维护自己的权益：首先，与公司进行沟通协商，明确表达您的立场和诉求；其次，如果协商无果，您可以向当地的劳动争议仲裁委员会提起仲裁申请，要求公司继续履行原合同中的保底工资条款；最后，如果仲裁结果仍不满足您的要求，您还可以考虑通过法律途径进一步维权。
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从法律角度看，您可以采取以下措施应对公司单方面改变工资计算方式的行为：首先，保留好相关证据，如合同、工资条等，以证明公司存在违约行为；其次，及时与公司进行沟通，明确表达您的不满和诉求；最后，如果沟通无果，您可以依法向劳动争议仲裁委员会提起仲裁申请，要求公司承担相应的法律责任。