如果公司仍然坚持对迟到员工进行罚款，这违反了《劳动法》的相关规定，特别是关于废止企业罚款权的规定。根据《劳动法》第九十一条，用人单位如侵害劳动者合法权益，可由劳动行政部门责令支付劳动者工资报酬、经济补偿，并可责令支付赔偿金。你可以首先尝试与公司沟通，若无效，可向劳动保障行政部门投诉、举报，或者向调解组织申请调解，必要时依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，甚至向人民法院提起劳动诉讼来维护自己的合法权益。
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若员工迟到，公司可采取以下合法手段：首先，可根据内部规章制度，对员工进行警告或通报批评；其次，若迟到严重影响工作，造成经济损失，公司可合法扣除部分工资作为赔偿，但需确保扣除后不低于最低工资标准；再者，公司也可考虑与员工解除劳动合同，但需遵循相关法律法规，确保程序合法。