绩效考核扣工资不合法，不应该与基本工资挂钩。除因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位不得扣除劳动者工资。且每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。《工资支付暂行规定》第十六条法律依据：《工资支付暂行规定》第十六条《工资支付暂行规定》第十六条因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
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若劳动者劳动合同中的违约情况，有可能会被扣工资，扣工资是否合法需要结合实际情况而定。
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我国当前没有明确规定用人单位扣员工工资的法律依据，所以大多是依据公司规章制度来执行，如有争议可先协商。